A amônia ocorre como resultado da digestão dos alimentos ingeridos pelos peixes ou pela ação das bactérias presentes no aquário sobre as sobras de alimentos e dejetos.
Trata-se de um composto muito tóxico aos peixes. A amônia livre no aquário posteriormente é oxidada pelas Nitrobactérias presentes no filtro biológico e transformada em nitrito, também tóxico.
A análise periódica do teor de nitrito é importante uma vez que níveis elevados deste composto afetam os glóbulos vermelhos do sangue dos peixes, reduzindo sua capacidade respiratória.
A água dos aquários sob tais condições, por um longo período de tempo, pode provocar a morte dos peixes por asfixia.